Esta unidad militar cuya identificación como C.O.E.S. nace a raíz de la necesidad de realizar misiones de alto riesgo en cuanto ejecución de las tareas encomendadas por el alto mando, dirigidas principalmente a proteger a los entes gubernamentales amenazados en su momento por grupos que no asimilaban la política de gobierno, tanta a sus instalaciones y dignatarios que se presentaban como un blanco vulnerable ante la situación predominante en el país.

Su fecha de fundación se remonta a la década del 80, pero no como un Comando de Brigada, sino específicamente como una unidad no permanente, organizada en el momento en que se ordenaba el cumplimiento de una misión en particular inicialmente se ubicó en Támara, Francisco Morazán dentro de las instalaciones del Segundo Batallón de Infantería Aerotransportado en el año 2003, sin embargo, es hasta el 15 de Abril del 2004 que se organiza el Comando de Operaciones Especiales como Comando de Gran Unidad, perteneciendo a la misma las unidades siguientes: el Primer Batallón de Fuerzas Especiales, el Primer Batallón de Infantería, el Segundo Batallón de Infantería Aerotransportado y el Primer Batallón de Artillería de Campaña.

El Comando de Operaciones Especiales (C.O.E.S.) tiene su sede dentro de las instalaciones del Primer Batallón de Infantería, ubicado en El Ocotal, M.D.C.; su primer comandante fue el Coronel de Infantería D.E.M. Rafael Young Romero desde el año 2003 hasta el 15 de Abril de 2004, su actual comandante es el Coronel de Infantería D.E.M. Bartolomé Fúnez Castellón.