A raíz de que en los años 90s, la Escuela de Clases del Ejercito que de ese tiempo hacia atrás, realizaba la función de Formación y Capacitación de los clases, fue cerrada, aunada a la puesta en vigencia del servicio Militar Voluntario; que al inicio de su aplicación provocó que pocas personas se presentaran a las unidades, y a la reducción de las TOES de las unidades militares; produjo que las Tropas poco a poco fuesen perdiendo sus destrezas tácticas y técnicas, a tal punto, que se vislumbraba un gran fracaso    en el adiestramiento individual y colectivo  a este nivel.

Es así como en la ley Constitutiva de las Fuerzas Armadas refrendada mediante decreto No 245 – 98  del 19 de septiembre de 1998 y ratificada el 25 de enero de 1999, se contempla la creación de la carrera del Suboficial, misma que en el Titulo II, Capitulo único, Articulo 12, reza textualmente ¨Los recursos humanos están constituidos por los Oficiales,  Sub oficiales, Cadetes, Estudiantes, técnicos, Tropa y personal auxiliar que se encuentran integrando sus cuadros orgánicos¨.  

Ante tal panorama, en el año de 1999 el departamento de Recursos Humanos (E – 1) del Estado Mayor General del Ejercito,  envía  un mensaje  a todas las Unidades  de dicha Fuerza,  para que envíen  un  listado de Sargentos Primeros y Sargentos Mayores, con el respectivo Currículo; para analizar si los mismos, llenaban los requisitos que se necesitaban para pasar a la categoría de Suboficial.
 

En Marzo  del  Año 2000, se convoca  al Personal de Sargentos Primeros y Mayores por parte  de los Departamentos de Organización,  Operaciones y  Adiestramiento (E-3)  y  de Personal (E-1) para realizar la selección de los candidatos a Suboficiales.  El  proceso consistió en revisión de hoja de Servicio, examen  psicológico,  prueba física  y conocimientos generales. Una vez realizado el proceso de selección, en el mes de Mayo de ese mismo año, se acordó que solo 10 Sargentos ascenderían a Sub-oficiales de  Comando I;  pero al final se les notifico oficialmente su ascenso  el  10 de Diciembre del Año 2000, a veintiún sargentos, de las diferentes armas.

Oficialmente se le da el nombre de Escuela de Suboficiales del Ejercito, el 16 de septiembre del 2002, mediante dictamen D.109 (C – 1) 2002, nombrándose  como su primer director  al Teniente Coronel de Infantería DEM  don Víctor Manuel Núñez Duran, quien inicio  la primera promoción de suboficiales, con personal de clases de las diferentes unidades del Ejercito.   

En su corto peregrinar, la ESOE le ha tocado ocupar muchas instalaciones,  iniciando en el Ala izquierda del Departamento (E – 3) en el año 2002.  En el año 2004, ocupo el edificio de la  antigua Escuela de Clases del Ejército, que ya para ese entonces, funcionaba allí el departamento de Asuntos Civiles (E – 5).  Para finales del año 2005, le es adjudicada el ala derecha del edificio donde funcionaba la Auditoria Jurídico Militar del Ejército. El 15 de Abril del 2009,  es trasladada a las instalaciones donde funciono el colegio del Primer Batallón de Artillería de Campaña con sede en la Comunidad de Zambrano, Francisco Morazán, donde hasta el momento funciona.